В 1997 году Хуан Руиз Наупари завершил обучение по программе Grof TranspersonalTraining в Соединённых Штатах и Испании. Позднее, начиная с 2002 года, он плотно сотрудничал со Станиславом Грофом и координировал программу Grof TranspersonalTraining в Чапале (штат Халиско, Мексика), где сыграл ключевую роль в подготовке специалистов в области трансперсональной психотерапии и работы с неординарными состояниями сознания. Этот профессиональный опыт, связанный с дыхательными практиками и их применением в клиническом и духовном контексте, стал важным элементов в развитии его собственного метода – Пневма.
С начала 2000-х годов Хуан Руиз Наупари активно сотрудничает с ведущими международными академическими учреждениями и регулярно получает приглашения выступать с лекциями в следующих организациях:
• Institute of Integral Studies, Сан-Франциско, Калифорния;
• Transpersonal Psychology Institute (сегодня это Sophia Institute), Пало-Альто, Калифорния;
• Naropa University, Боулдер, штат Колорадо.
Хуан Руиз Наупари посвятил более тридцати пяти лет распространению, исследованию и преподаванию философии и культуры тибетского буддизма с трансперсональной точки зрения в Gaden Shartse Monastery University. Эта деятельность получила признание и поддержку со стороны монастырского руководства, директора департамента образования и Его Святейшества Далай Ламы XIV. С 1992 года Хуан Руиз Наупари сотрудничает с GadenShartse Norling Monastic University в рамках созданного им проекта «Buddha Maitreya». Это сотрудничество связано с развитием междисциплинарного диалога в области психологии, духовности и культурологических исследований. В 2024 году он подписал соглашение с монастырём о дальнейшем укреплении этого сотрудничества через создание постоянных исследовательских и образовательных проектов. Продолжением этой многолетней работы стало событие, состоявшееся 9 января 2026 года в монастырском университете DrepungGomang на юге Индии. В этот день Хуан Руиз Наупари, директор Пневма Института, вручил Его Святейшеству Далай-ламе XIV степень почётного доктора (Doctor Honoris Causa) в знак глубокого уважения и признания его выдающегося вклада в изучение природы ума и развитие человеческого сознания.

Одним из значимых академических партнёров Хуана Руиза Наупари является факультет психологии и образовательных наук Universitatea Spiru Haret в Бухаресте (Румыния). В 2016 году факультет присвоил ему звание Visiting Professor и наградил Diploma de Excelencia. В 2024 году эти академические признания были подтверждены.
Опираясь на свой обширный эмпирический и клинический опыт, Хуан Руиз Наупариразработал комплексную программу профессиональной подготовки «Трансперсональнаяпсихология и Дыхание Пневма». Эта новаторская и пошагово систематизированная методикапредназначена для безопасного и структурированного сопровождения трансперсональных состояний сознания, а также для глубокого исследования бессознательных и духовных аспектов человеческой психики. С 2012 года программа признана Европейской ассоциацией трансперсональной психологии (ETPA) и Коллегией психологов Румынии. Параллельно с данной программой Хуан создал направление в психотерапии - Pneuma Therapy (Пневматерапию), которое интегрирует процессы эмоционального исцеления, психологической интеграции, а также личностного и духовного развития человека. В настоящее время обучение проводится на шести языках. Выпускники программ Пневма Института сегодня работают фасилитаторами практики Дыхания Пневма, преподавателями подхода Пневма, а также, в зависимости от уровня подготовки и аккредитации, практикующими специалистами Пневма терапии в Соединённых Штатах, Канаде, Мексике, Португалии, Испании, Италии, Германии, Великобритании, Румынии, России, Индии и Австралии.